La història comença en un bosc imaginari. El príncep Tamino arriba després dʼhaver lluitat amb una serp gegant. Apareix Papageno, lʼocellaire, amb les seves cançons i la seva simpatia.
De sobte, seʼls presenta la Reina de la Nit que demana als nostres amics que vagin a rescatar la seva filla empresonada: la princesa Pamina. Per tal de dur a terme aquesta proesa, la Reina de la Nit els obsequia amb la Flauta Màgica que té uns poders meravellosos.
Tamino i Papageno corren mil aventures fins que finalment alliberan a la princesa Pamina de tot perill.